Zarówno Nakło nad Notecią jak i pozostałe gminy obszaru LGD po kilkuset latach silnych związków z Notecią, jako rzeką służącą najpierw obronie, potem rozwojowi gospodarczemu, w drugiej Polowie XX wieku „odwróciło się” od rzeki. Podobnie było w przypadku wszystkich zasobów naturalnego środowiska, jezior w gminie Mrocza, czy Szubin, nadnoteckich łąk czy lasów. Największe znaczenie miało wykorzystanie rolnicze zasobów naturalnego środowiska. Wraz z coraz mniejszą opłacalnością rolnictwa na lakach nadnoteckich egzystencja wielu położnych w dolinie Noteci miejscowości staje pod znakiem zapytania. Po wejściu do UE rolnicy z tych terenów napotkali na szereg kolejnych ograniczeń, dowiedzieli się, że mieszkają na terenach o chronionej przyrodzie (NATURA 2000) co wywołało dodatkowe frustracje i wiele sprzecznych opinii co do przyszłości tych terenów. Tymczasem wobec powszechnej degradacji naturalnego środowiska i krajobrazu, w ostatnich latach okazało się, że zasoby naturalne doliny Noteci są na tyle atrakcyjne i cenne z punktu widzenia przyrodniczego, że zaczynają przyciągać ludzi szukających spokojnego azylu i naturalnej przyrody. Ani mieszkańcy, ani władze, ani funkcjonujące na tym terenie instytucje nie były przygotowane do takiej zmiany podejścia ……

Pojawiło się szereg pomysłów na zagospodarowanie i wykorzystanie turystyczne doliny Noteci m.in. koncepcja stworzenia przystani wodnej w Nakle nad Notecią, rejsy statkiem ‘Łokietek” oraz działalność jednej z nielicznych w kraju Szkoły Żeglugi Śródlądowej w Nakle. Również, miasta i gminy nadnoteckie upatrując szansę na rozwój w oparciu o rzekę Noteć postanowiły działać wspólnie tworząc Związek Miast i Gmin Nadnoteckich. Atrakcyjne siedliska i miejsca lęgowe ptaków oraz unikatowa roślinności Doliny Noteci zostały dostrzeżone przez Polskie Towarzystwo Botaniczne jak i Ogólnopolskie Towarzystwa Ochrony Ptaków (OTOP), które upatrują rozwój turystyczny Doliny w oparciu o ofertę dla miłośników przyrody czy „podglądaczy ptaków”.

Wreszcie aktywność Partnerstwa dla Krajny i Pałuk, które powstało jako pokłosie realizowanego od 2002 roku programu odnowy wsi. Integracja środowisk lokalnych, zachęcanie mieszkańców wsi do podejmowania inicjatyw samopomocowych jako kontynuacji tworzonych planów odnowy sołectwa doprowadziły do powstania porozumienia o partnerskiej współpracy w latach 2004-5. Partnerstwo dla Krajny i Pałuk zrzeszające ponad 50 instytucji publicznych (w tym wszystkie samorządy powiatu nakielskiego), organizacji społecznych i podmiotów gospodarczych od kilku lat podejmuje działania na rzecz rozwoju społecznego i gospodarczego w dolinie Noteci. W ramach Pilotażowego programu LEADER+ w latach 2006-2008 realizowano projekt „Łączy nas Noteć”, dzięki któremu wyznaczone zostały ścieżki i szlaki rowerowe i wodne, opisano szereg obiektów, wydano materiały promocyjne, a także zapoznano się z koncepcją i funkcjonowaniem ekomuzeów w Polsce i we Włoszech. Ekomuzeum to sieć rozproszonych w terenie obiektów, które tworzą "żywą" kolekcję, obrazującą wartości przyrodnicze i kulturowe regionu oraz dorobek jego mieszkańców. Jego celem jest zachowanie i eksponowanie lokalnych tradycji i forom gospodarowania, charakterystycznego rzemiosła czy sposobu życia poprzez prezentacje, warsztaty, czy pokazy dla turystów, organizowane przez mieszkańców regionu. Ekomuzeum to sieć obiektów, które dzięki wspólnej promocji, stanowią całościowy produkt turystyczny. Ekomuzeum jest przedsięwzięciem tworzonym oddolnie, w oparciu o lokalną mądrość i organiczną znajomość regionu, czerpiącym z miejscowej historii i tradycji, zaprezentowanej w sposób żywy i interesujący, godzącym wymogi ochrony dziedzictwa z potrzebami ekonomicznymi mieszkańców. Jesienią 2008 roku Partnerstwo dla Krajny i Pałuk przystąpiło do Krajowej Sieci Grup Partnerskich, w ramach której działa Krajowe Forum Zielonych Ścieżek i Ekomuzeów, zrzeszające koordynatorów Greenways i Ekomuzeów z całej Polski. Celem Forum jest umożliwienie ogólnokrajowej wymiany doświadczeń i realizacji wspólnych, ponadregionalnych projektów.

Koncepcja utworzenia Ekomuzeum Doliny Noteci nawiązuje do „Programu Rozwoju Produktu Turystycznego oraz Kreacji Marki dla Gmin Nadnoteckich” opracowanego w 2002 roku przez Polską Agencję Rozwoju Turystyki S.A z Warszawy. W założeniach tamtego programu jednym z projektów od których należy rozpocząć rozwój turystyki w Dolinie Noteci była koncepcja projektu nazwana jako „Ekologiczna Dolina Noteci”. Przedstawiciele Partnerstwa dla Krajny i Pałuk w 2007 roku odwiedzili ekomuzea Dolnego Śląska oraz Ekomuzeum we włoskiej Cortemilia. Na bazie tamtych doświadczeń w 2008 roku wspólnie ze Starostwem Powiatowym w Nakle i innymi Partnerami zrealizowano projekt „Pierwszy krok do Ekomuzeum Doliny Noteci” dofinansowany przez Samorząd Województwa Kujawsko – Pomorskiego.